Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM) Kabupaten Biak Numfor pada awalnya merupakan salah satu bagian pada Sekretariat Daerah Kabupaten Biak Numfor, yaitu Bagian Kepegawaian. 

Pada awal tahun 2008, berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 41, Bagian Kepegawaian berdiri sendiri menjadi Badan Kepegawaian Daerah (BKD) Kabupaten Biak Numfor. 

Selanjutnya BKD dan Badan Pendidikan dan Pelatihan (Badan Diklat) menjalankan tugas secara terpisah. Seiring diterbitkannya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah serta Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, dilakukan penataan kelembagaan pemerintah daerah. Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Biak Numfor Nomor 9 Tahun 2016 dan ditetapkan melalui Peraturan Bupati Kabupaten Biak Numfor Nomor 9 Tahun 2017 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja, Badan Kepegawaian Daerah (BKD) dan Badan Diklat resmi digabung menjadi: 
BADAN KEPEGAWAIAN DAN PENGEMBANGAN SUMBER DAYA MANUSIA (BKPSDM) KABUPATEN BIAK NUMFOR
 yang hingga saat ini menjadi perangkat daerah yang bertanggung jawab dalam penyelenggaraan manajemen Aparatur Sipil Negara serta pengembangan kompetensi sumber daya manusia di lingkungan Pemerintah Kabupaten Biak Numfor